La cripta, dedicata a Santa Venera, secondo alcuni, risalirebbe all’epoca longobarda. In realtà fu costruita contemporaneamente alla chiesa (XII sec.). L’interno è un piccolo spazio trasversale ad abside circolare coperto da volta a crociera sorretta da 4colonne, alcune delle quali sormontate da capitelli zoomorfi altomedievali e tutti diversi tra loro. Di notevole interesse architettonico sono le feritoie che si aprono lungo l’absidiola, strombate all’interno in modo da favorire una migliore illuminazione della cripta. Di notevole importanza il grande affresco ‘400esco raffigurante una “Madonna con Bambino tra santi Giovanni Battista e S.Veneranda”, realizzato intorno alla metà del ‘300 e riferibile, verosimilmente, ai seguaci napoletani di Giotto